En sus diez salas de exhibiciones permanentes se expone el patrimonio del Museo, que desde 1921 se fue enriqueciendo a partir del legado fundador de Ricardo Zemborain.
A través de estas salas, el Museo propone diversas reflexiones sobre la historia, la política, la economía y la sociedad a partir de sus colecciones de platería urbana (Colección Zemborain), mobiliario y objetos de arte y decorativos (en dos ambientaciones de un salón porteño de la primera y de la segunda mitad del siglo XIX), peinetones y alhajas femeninas (colecciones Miguel Gambín y Zemborain), vestimenta y elementos de las modas y las costumbres masculinas y femeninas de siglo XIX, y platería rural (Colección Alfredo y Sara Davis de Keen).
Un amplio panorama del pasado conforman los testimonios del proceso emancipador de Sudamérica (desde las invasiones inglesas hasta la Independencia); el complejo proceso de la Confederación Argentina (colecciones Andrés Lamas y Ricardo Zemborain); la siempre agitada historia monetaria argentina (una de las más importantes colecciones de numismática); la evolución edilicia de la Plaza de Mayo a través del pincel de Leonie Matthis (1883-1952) y la sala de armas donde se exhiben valiosas piezas de uso civil y militar, completadas con parte de la colección de soldaditos de plomo que muestran los uniformes de los diferentes regimientos que lucharon por la Independencia (donación de Ernesto Lasnier).
Como señala Eric Hobsbawn en su libro "Historia del siglo XX. 1914-1991", Barcelona, Crítica, 1995: "La destrucción del pasado, o más bien de los mecanismos sociales que vinculan la experiencia contemporánea del individuo con la de generaciones anteriores, es uno de los fenómenos más característicos y extraños de las postrimerías del siglo XX. En su mayor parte, los jóvenes, hombres y mujeres (...) crecen en una suerte de presente permanente sin relación orgánica alguna con el pasado del tiempo en el que viven".
Para Hobsbawn, este hecho otorga a los historiadores -cuya tarea consiste en recordar lo que otros olvidan- y a los museos de historia, mayor trascendencia que la que han tenido nunca. En este sentido, el Museo intenta reflexionar sobre lo que muestran y lo que ocultan sus colecciones, en las distintas miradas que cada objeto, y la relación entre ellos, puede provocar.
El acervo patrimonial se complementa con valiosas colecciones, entre las que se destacan la correspondiente a Leandro Alem, que testimonia la vida y la época del político argentino; la de acuarelas de José Ignacio Garmendia sobre la Guerra del Paraguay; la de iconografía de Buenos Aires de Guillermo H. Moores, la de medallística y la de iconografía religiosa, que constituyen el patrimonio de más de 21.000 objetos del Museo Histórico de Buenos Aires.
La variedad de colecciones permite obtener una amplia visión de la historia de Buenos Aires, una ciudad que fue capital de un virreinato, de una provincia y de la Nación, en los aspectos políticos, sociales y económicos, y disfrutar al mismo tiempo de la calidad artística de las mismas.